Desde su nacimiento, el Fichero de Internos de Especial Seguimiento (FIES) contribuyó a la creación de una zona oscura dentro de las prisiones españolas, poco permeable al control jurisdiccional y al de los colectivos sociales. Estos últimos, desde el primer momento, denunciaron que, bajo el paraguas de un fichero de carácter meramente administrativo, se estaba regulando el régimen de vida de los presos FIES y de las personas destinadas a los departamentos especiales y régimen cerrado.
